電影中，考入怪獸大學是所有怪獸夢寐以求的人生目標，內裏的學科按電力公司的工作崗位分類，如有能量儲存器設計系、穿梭人類世界大門製造科等，而令大眼仔和毛毛心儀的，莫過於專門培訓出色「驚嚇專員」的驚嚇學院。他們本以為順利考入便已成功了一半，誰知原來學院裏裏外外都是個充滿競爭的世界。每個學生天天都要為數字奮鬥，學習不同的嚇唬姿勢和理論，以求在考試中獲得更高的「驚嚇值」，否則便會落得被開除的命運。
久而久之，學院內慢慢形成一股精英文化，像出生於驚嚇專員世家的毛毛那樣「驚嚇值」高的學生備受師生崇拜。相反，天生一副可愛相的大眼仔則跟其他能力較低的同學一起被掛斥。對此，深信天生我才必有用的大眼仔自然心有不甘，有次更公然在堂上挑戰毛毛，結果卻得罪院長，雙雙被踢出驚嚇學院，令二人夢想幻滅。
幸然，天無絕人之路。毛毛和大眼仔自此不打不相識，且認識到一班好友，一起在大學最大型的驚嚇比賽中壓倒強隊奪冠，令院長和全校同學刮目相看。毛毛和大眼仔更在一次機會下誤闖人類世界，成功嚇倒一大班成年人，所得的「驚嚇值」將學院中的所有能量儲存器儲滿，破下大學的紀錄。
縱使這種破壞大學規矩制度的行為最終還是令他們被踢出校，但大家都知他們最後還是當了驚嚇專員。他們由派信員做起，十年間屢屢晉升，仕途一帆風順，憑的就是一股理想和拼勁。所以，誰說人一定要讀過大學才能成就理想？
